UNICEF ve Fransız Hükümeti tarafından 1949 yılında Paris'te Centre International de l'Enfance ismi ile kuruldu. Merkez 1999 yılına kadar özellikle gelişmekte olan ülkelerdeki çocuk hekimleri ve sağlık çalışanlarına, çocuk sağlığı ve hastalıkları alanında kurslar düzenledi ve yayınlar hazırladı.1999 yılında finansal güçlüklerden dolayı kapanan Merkez, aynı yılın sonunda Prof. Dr. İhsan Doğramacı'nın girişimleri ile, Ankara'da Bilkent Üniversitesi kampüsünde yeniden açıldı. Uluslararası Çocuk Merkezi 2004 yılında Dernekler Kanunu uyarınca dernek statüsünü almıştır.Uluslararası Çocuk Merkezi Türkiye'de faaliyetlerine başladıktan sonra çalışmaları çocuk sağlığı odaklı olmasının yanısıra, insan hakları, kadın ve gençler de Merkezin uğraş alanlarına girmiş, ilgilendiği konular genişlemiştir.