CİSST, mahpusların hak ve özgürlüklerinin korunması ile Türkiye hapishanelerinin, haklar, koşullar ve uygulamalar bağlamında uluslararası insan hakları standartlarına ve insan onuruna uygun hale gelmesi için çalışır. CİSST, mahpuslara yönelik damgalayıcı ya da kalıplaştırıcı algı ve söylemlere karşı çıkarak hak temelli bir kavrayış ve dil geliştirilmesini tüm çalışmalarının merkezinde konumlandırır. Buna paralel olarak, kapsayıcı ve bütüncül bir insan hakları yaklaşımını benimseyerek; hapishanelerde bulunan ve birbirinden farklı ihtiyaçlara sahip kadın, çocuk, LGBTİ, hasta, yabancı, engelli, işçi, öğrenci, ağırlaştırılmış müebbet, yaşlı ve Roman mahpus gruplarını çalışmalarının odağına alır.